生科線上免費資料庫介紹-BRENDA

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有一次向生科院同學請教除了NCBI, PubMed和WOS以外，生科院還會使用到哪些資源，同學分享：老師在課堂上，曾經推薦：BRENDA!!  所以我們現在就來跟大家介紹BRENDA。

BRENDA (BRaunschweig Enzyme Database)是一個專門提供查找酵素(Enzyme)的線上免費資料庫，BRENDA 在1987年由Schomburg所提出，是一個詳盡的蛋白質功能 (Protein Function)資料庫，資料庫整合文獻中出現的催化(Enzymatic)與代謝(Metabolic)的資訊。

與其他酵素資料庫不同之處在於，BRENDA並不專指於某特定生物(Specific Organisms)或某面向的酵素，反倒是涵蓋了目前已分類之酵素的大部分資訊，從1999年上線後，也出版了手冊。

在BRENDA中要獲得酵素的相關資訊，可以利用兩種方式取得資訊，包括：1.檢索方式-利用EC號碼、酵素名稱、生物名稱等來執行檢索；2.瀏覽方式：利用EC所發展出的生物分類樹來瀏覽。例如當您閱讀到此篇文章：Ku J.T., Simanjuntak W. Lan E.I.*, 2017. Renewable synthesis of n-butyraldehyde from glucose by engineered Escherichia coli. Biotechnology for Biofuels, 10:291. 想從中窺探n-butyraldehyde的樣貌與相關化學反應包括：氧化(Oxidation)、還原(Reduction)、水解(Hydrolysis)、移基反應(Group Transfer)等，就可以利用BRENDA來查找。以下利用EC Number所應用的四種瀏覽方式說明之：

  • 檢索方式
  • 利用EC Number瀏覽檢索結果

 

    1. 以途徑(Pathway)方式瀏覽
      https://news.lib.nycu.edu.tw/wp-content/uploads/2019/08/BRENDA1.jpg
    2. 以詞彙地圖(Word Map)方式瀏覽https://news.lib.nycu.edu.tw/wp-content/uploads/2019/08/BRENDA1.jpg
    3. 以反應圖(Reaction Diagram)方式瀏覽https://news.lib.nycu.edu.tw/wp-content/uploads/2019/08/BRENDA2.jpg
    4. 以序列(Sequence)方式瀏覽

https://news.lib.nycu.edu.tw/wp-content/uploads/2019/08/BRENDA2.jpg

以上，和大家分享生科院學生也會用到的資查詢源管道。

參考文獻

http://terms.naer.edu.tw/

Schomburg, D. and Schomburg, I., eds (2001) Springer Handbook of Enzymes, 2nd edn, Springer, Heidelberg

Schomburg, I., Chang, A., Hofmann, O., Ebeling, C., Ehrentreich, F., & Schomburg, D. (2002). BRENDA: a resource for enzyme data and metabolic information.

Schomburg, I., Jeske, L., Ulbrich, M., Placzek, S., Chang, A., & Schomburg, D. (2017). The BRENDA enzyme information system–From a database to an expert system. Journal of biotechnology, 261, 194-206.

文 / 推廣組 何佳欣

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