引用文獻索引資料庫收集大量重要學術期刊文獻進行引文分析，收錄語文以英文為大宗，各大學排名評量大學的學術表現常利用來自引文資料庫的數據，因其收錄之重要學術期刊文獻較廣泛，且提供被引用次數，可由此評估各大學文獻之質量，當前最重要的引文資料庫為WOS(Web of Science)、Scopus與Google Scholar，尤以WOS最為台灣教育單位重視，為上海交大與台灣高等教育評鑑中心進行大學學術排名時使用的資料庫。
WOS為美國湯森路透公司(Thomson Reuters) 於 1997 年間建置之網際網路版引用文獻索引資料庫，共涵蓋三大領域的引文資料庫: Science Citation Index Expanded (SCIE)、Social Sciences Citation Index (SSCI)、Arts and Humanities Citation Index (A&HCI)，所收錄的文獻包含多種類型，有期刊論文、會議摘要、研討會論文、評論與簡訊等等。
大學排名常使用到的WOS資料庫有SCIE與SSCI兩種，以人文藝術類文獻為主的A&HCI常不在各大學排名的考量之中，因人文藝術類學科的特性並不著重於發表學術論文。SCIE目前收錄8,273種科技期刊，SSCI目前收錄2,876種社會科學期刊，A&HCI目前收錄1,551種人文藝術類期刊。
ESI(Essential Science Indicators)基本科學指標係分析WOS內容而取得數據，可由此獲得各單位、國家、研究人員、學科領域之論文數、被引用總數、平均被引用次數等資料，並提供高被引文章、熱門文章與研究趨勢等相關資訊。ESI所收錄之WOS數據為近十年內SCIE/SSCI所收錄之文獻，含定期科學性文章(regular scientific articles)、評論文章(review articles)、研討會論文(proceedings papers)、研究筆記(research notes)等。
JCR(Journal Citation Reports)所收錄期刊來自WOS資料庫，透過分析各期刊引用次數，來計算各期刊近期的影響係數，可提供評估科學期刊的參考，以便了解各學科領域近期重要的學術期刊。JCR、ESI與WOS為ISI (Institute for Scientific Information)資料庫系統下的三個重要引文分析工具。
WOS所收錄的學術期刊以科學類期刊為多數，人文與社會類學科之期刊較少。各學術領域的學術文獻引用特性不同，在科學類期刊之中，以醫學、化學相關之學門文獻被引次數較高，物理、數學與環境衛生類則相對較少。綜合分析學術文獻的引用次數來評估學術影響力，必然帶有來自不同學科領域的偏見，使醫學領域學術文獻具有強大的優勢，這是無法避免的，不同領域之研究人員有各自習慣的文獻使用行為，若為提升大學排名之表現而改變，不異削足適履，難以為之，想方設法減低醫學領域文獻被引優勢的作法亦形成另一形式的偏見。
來自WOS的引用資料可幫助研究者判斷該研究領域中重要或相關的文獻，但若僅以在WOS之學術期刊文獻綜合評量各大學之學術表現，不顧慮各類型學校之發展特性，並將學術文獻被引用外的學術表現低估輕視，對一所大學的整體未來發展勢將造成難以估計的損失，學術文獻之價值並不只供研究者利用，然而使用被引次數做為學術文獻影響力之評量標準雖有失公允，卻是目前各大學排名評估學術文獻影響力的重要依據。
國立交通大學為國內重要理工大學，主要發展學門在電子相關領域，缺乏醫學相關學門的支持，在大學排名指標的引用文獻比較分析中，與綜合大學或醫學大學相比居於劣勢，但在電子工程相關領域之學術文獻表現不俗，於分領域的大學排名中仍有優勢，2009上海交大工程技術與電腦科學領域的大學排名，國立交通大學獲得45名，與國內各校相比僅次於成大(37)且優於台大(51-77)；本校並於長期投入資源後，蓬勃發展成國內重要的電子科技產業支援者之一，除了在學術文獻表現良好，來自本校的相關人才與技術更對電子科技產業助益良多，其學術研究的影響不僅表現在學術文獻的引用數據裡，更表現在現實產業活動中。
參考資料:上海交大2009世界大學排名http://www.arwu.org/FieldENG2009.jsp
編註：此文撰寫時為交通大學，2021年2月交大已與陽明合併為陽明交大。
文 / 吳孟瑾
(更新日期：110.10.21 By 推廣組林玉)